מוזיאון הגאון מווילנה ליהדות ליטא פרוש על כמה אתרים בעיר, ומתעד את מורשת "ירושלים דליטא" — עולם התורה, התרבות ביידיש, חורבן הקהילה בשואה והחיים היהודיים בליטא לאורך הדורות. התצוגות מציגות מסמכים, תצלומים וחפצים, ומהוות הקדמה טובה לפני סיור ברובע היהודי ובאתרי ההנצחה. מומלץ לבדוק מראש אילו אתרים פתוחים ושעות הפעילות, שכן המוזיאון מפוזר בכמה כתובות.