ביערות פונאר, סמוך למסילת הרכבת, רצחו הנאצים ועוזריהם המקומיים בין 1941 ל-1944 עד כ-70,000 יהודים מווילנה והסביבה, לצד אלפי פולנים ושבויים סובייטים. הבורות שנכרו במקור לאחסון דלק הפכו לזירת הרצח. באתר עומדים מספר אנדרטאות — בהן אנדרטה יהודית שנחנכה ב-1991 ובה כתובות ביידיש, עברית וליטאית — ומרכז מבקרים שנפתח ב-2018 ומספר את הסיפור. הביקור מרגש וכבד; כדאי להקדיש לו זמן, להגיע ברכבת או ברכב, ולבדוק מראש שעות פתיחה.